Гаджи Зейналабдин Искендер-оглы Ширвани родился 16 августа 1780 года в городе Шемахе, бывшем в те времена одним из центров науки и культуры Азербайджана.

В беседе с правителем Бадахшана султаном Мухамедом Суфи Ширвани сообщает, что он родом из города Шемахи, страны Ширвани. Отец его, ахунд Искендер, был известным ученым и видным представителем местного духовенства.

В 1785 году, когда Зейналабдину исполнилось пять лет, семья ахунда Искендера переселилась в город Кербелу (недалеко от Багдада). Там отец будущего путешественника занимался преподаванием в медресе. У него и у других духовных лиц Кербелы Зейналабдин обучался двенадцать лет, приобретя преимущественно духовные знания. Естественно, что любознательного юношу с его пытливым умом подобная учеба не могла удовлетворить. Впоследствии он запишет: "Образование не давало никаких результатов, кроме пустого времяпрепровождения; драгоценная жизнь проходила зря и напрасно, ничего не выяснилось ни о начале мира, ни о конце вселенной, и годы моей жизни достигли семнадцати" . Единственно полезное, что он приобрел, - это знание основ нескольких языков. Кроме своего родного азербайджанского языка Ширвани владел персидским (фарси), арабским, турецким, туркменским языками. В дальнейшем он изучил еще и другие языки, в том числе хинди, и свободно на них говорил.